Cada organización Waterkeeper elige la mejor manera de monitorear los niveles de bacterias en sus vías fluviales según las características específicas de su cuenca. Una de las principales diferencias radica en si un programa monitorea enterococos o E. coli. El tipo de bacteria monitoreada por un grupo Waterkeeper está determinado por los niveles de salinidad en sus ríos: marinos, salobres o dulces. Tanto E. coli como los enterococos son indicadores de coliformes fecales que pueden causar enfermedades cuando las personas o las mascotas que se divierten en el agua se exponen a ellos. Sin embargo, los enterococos se monitorean específicamente tanto en agua dulce como marina (salada), mientras que la E. coli se monitorea en sistemas de agua dulce. Por ejemplo, la Federación de Ríos Arundel monitorea los enterococos en los ríos South, West y Rhode, que son vías fluviales salobres. En comparación, la Anacostia Riverkeeper monitorea la E. coli en el río Anacostia, un sistema de agua dulce.
La jurisdicción donde se ubican las vías fluviales monitoreadas también determina el umbral de monitoreo de bacterias que utiliza la organización Waterkeeper. Las organizaciones Waterkeeper pueden optar por monitorear sus niveles de bacterias según las normas federales, estatales o el Valor de Acción para Playas (BAV, por sus siglas en inglés).
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